Ada berbagai metode pembuangan limbah laboratorium saat bahan-bahan kimia selesai digunakan atau terdapat sisa. Salah satu metodenya adalah pembuangan langsung dari laboratorium. Pada bahan-bahan kimia yang larut dalam air dapat dibuang langsung melalui bak pembuangan limbah laboratorium. Jika bahan kimia sisa berupa bahan yang mengandung asam atau basa, maka harus dinetralkan terlebih dahulu baru dibuang. Sedangkan untuk bahan yang mengandung logam-logam berat, endapannya harus dipisahkan terlebih dahulu, cairannya dinetralkan, baru dapat dibuang melalui bak pembuangan limbah.
Jadi, limbah laboratorium tersebut berupa bahan kimia yang mengandung logam berat.