Dalam meningkatkan potensi sumber daya laut yang belum tereksplor sepenuhnya, pemerintahan Gus Dur pada tanggal 26 Oktober 1999 melalui Keputusan Presiden No. 355/M tahun 1999 membentuk ....
Badan Penelitian dan Pengembangan Kelautan dan Perikanan
Direktorat Jenderal Kelautan, Pesisir, dan Pulau-pulau Kecil
Kementerian Kelautan dan Perikanan
Badan Pengembangan Sumber Daya Manusia Kelautan dan Perikanan
Departemen Eksplorasi Laut