Sebagai upaya dalam menuntaskan pelanggaran HAM, salah satu kebijakan yang mencolok yang dilaksanakan oleh Gus Dur saat beliau menjabat sebagai presiden adalah ...
Membebaskan masyarakat Papua untuk mengibarkan bendera Bintang Kejora.
Mengijinkan pemeluk agama Konghucu untuk beribadah di depan umum.
Memberikan gelar pahlawan kepada 4 mahasiswa Trisakti yang tewas tertembak.
Mengadili Soeharto dan kroni-kroninya.
Membebaskan tahanan politik Orde Baru.