Sekretaris Jendral diangkat secara bergilir dari negara anggota untuk memimpin sekretariat ASEAN. Perwakilan negara anggota ASEAN yang pernah menjadi Sekretaris Jenderal ASEAN adalah Indonesia, Malaysia, Filipina, Singapura, Thailand, Brunei Darussalam, dan Vietnam.

Dalam melaksanakan tugas, sekretaaris jenderal dibantu oleh staf regional dan staf lokal. Perwakilan anggota negara yang menjabat pada tahun 2018-2022 adalah Lim Jock Hoi dari negara Brunei Darussalam.