Biodegradasi adalah reaksi biologis (melibatkan makhluk hidup) yang menguraikan senyawa organik pencemar menjadi senyawa atau substansi lain yang tidak berbahaya. Umumnya terjadi karena senyawa pencemar dimanfaatkan sebagai sumber makanan mikroorganisme. Biodegradasi dilakukan oleh beberapa jenis mikroorganisme seperti jamur, bakteri, dan ragi.