Dua rantai DNA dihubungkan melalui ikatan hidrogen pada basa nitrogennya. Ada empat senyawa basa nitrogen yang menyusun DNA, yaitu:
- basa purin, yang terdiri dari adenin (A) dan guanin (G),
- basa pirimidin, yang terdiri dari timin (T) dan sitosin (C).
Adenin (A) akan berpasangan dengan timin (T), sedangkan guanin (G) akan berpasangan dengan sitosin (C).
Pada rantai 1 terdapat basa nitrogen A (adenin), G (guanin), dan C (sitosin). Pasangan basa nitrogen yang tepat adalah
- A (adenin) dengan (1) T (timin),
- G (guanin) dengan (2) C (sitosin),
- C (sitosin) dengan (3) G (guanin).