Bakteri selain menguntungkan, juga merugikan karena bisa menyebabkan penyakit bagi makhluk hidup. Selain penyakit, bakteri juga bisa membusukkan makanan dan menghasilkan toksin. Di antara bakteri yang merugikan itu yaitu

• Clostridium tetani adalah bakteri penyebab penyakit tetanus,
• Treponema pallidum adalah bakteri penyebab penyakit sifilis,
• Coxiella burnetti adalah bakteri penyebab demam, dan
• Pseudomonas solanacearum adalah bakteri penyebab penyakit pada tomat.

Bakteri yang bersifat merugikan ditunjukkan oleh nomor 1, 2, 3 dan 4.